个人生活在马晓晴刚到北京时，曾和北影厂的年轻导演路学长谈过一场刻骨铭心的恋爱。马晓晴和路学长同居了很长一段时间。能有个“窝”而不至于像北漂演员那样到处租房，当时令很多北漂明星心生羡慕。马晓晴回忆，1988年到北京拍《顽主》时就和路学长恋爱了，他那个时候得了太重的病，她很长一段时间在照顾他，后来拍《北京人在纽约》的时候就走了。他一直给我打电话，还不断地写信，最终我们还是认认真真分手了。之后，马晓晴曾经历过一段不同寻常的爱情，用她的话说就是，“他现在身在高位，说出来对谁都没好处”。年轻的时候，马晓晴一直喜欢比自己至少要大十岁以上的男人。后来爱情观发生了巨大的变化。觉得爱情像游戏，要符合游戏规则，谁也不能彻底霸占谁。以后不想结婚，因为觉得不太适合结婚，不适合做家庭主妇。因为做家庭主妇会付出很多，想搞事业，不想要小孩，更不想领养。她看过一本书，作者说自己这一辈子注定断子绝孙。她说她也是这样。马晓晴孤独的时候，就会给朋友打电话或约朋友出来逛街，但是当走在大街上，再没有人能认出她了，在北京的时候出门戴墨镜，生怕有人认出来，到上海后也老戴墨镜，后来她妈说别戴了，戴了也没人认出你来。后来再也不戴了。马晓晴看过很多书，家里的藏书也不少，正在写一本小说，名叫《妇人日记》，这本小说源于孔子的这句话：“唯女子与小人难养也。”这本书会是马晓晴情感经历的真实写照，但是等老了后才会写完，因为她生命中经历过的那些男人都还活着。2013年8月22日，薄熙来受贿、贪污、滥用职权一案开始审理，关于他的不少消息也不胫而走。据爆料，薄熙来此前曾与童星出身的女演员马晓晴交往。而马晓晴也在几年前的采访中提到自己曾与“身在高位”的某男子有过一段情，2008年《南都周刊》对她的访问中，写到“记者无意中提到圈中人聊起马晓晴的现状，大意是她现在有点神神叨叨，对人说自己与某上层人士秘密谈了好几年恋爱”。马晓晴也坦言：“这些事情过去了，我不想再提那个人了，嗯，怎么说呢，那个领域跟娱乐的领域是不同的，说出来对你对我都不好。”在《成都商报》的采访中，马晓晴指出“那个人”是“身在高位”，此外不愿透露任何信息。
获奖记录
荣誉奖项
1997第17届中国电影金鸡奖最佳女配角奖我也有爸爸（获奖）
1991第11届中国电影金鸡奖最佳女主角奖北京，你早（提名）
1989第12届大众电影百花奖最佳女主角奖神探宝盖丁（提名）
1989第9届中国电影金鸡奖最佳女配角奖顽主（提名）
早年经历
1968年马晓晴于上海市一个知识分子家庭，
1979年，11岁的她被谢晋挑中出演《啊！摇篮》(饰演小湘竹)，从此踏上演艺之路。拍完《啊！摇篮》后，马晓晴的脑子里开始萌生出长大后当明星的梦想。高中毕业前的马晓晴拍了7部儿童片，成了当时全国名副其实的小童星。
1986年马晓晴不顾家人的反对，考入了上海戏剧学院，但是在1988年，马晓晴做出一个大胆的决定———退学，正好那一年，峨影厂的米家山导演来找马晓晴演电影《顽主》，学校也坚决反对，马晓晴就退学了，只身来到北京发展事业。先后参加演出了《顽主》、《女神探宝盖丁》、《马路骑士》、《北京，你早》、《离婚大战》、《喜剧明星》等电影。从采访中了解到，她说她如果不做演员就做天文学者。从她饰演的一些热情、可爱和迷迷糊糊的女性角色中虽能感觉得到她是个真诚、坦白、直爽的人，但总觉得她应该是个挺“热闹”的女孩，她直言她感情上的孤独和彷徨，这种感觉可能许多人都有。
演艺经历
1988年7月，马晓晴到北京拍王朔小说改编的同名电影《顽主》，她把这部影片称为自己的第一部成年影片，她说当时根本不知道王朔。因为在《顽主》中的出色表演，马晓晴获得1989年金鸡奖最佳女配角唯一提名。那届金鸡奖的评委会主席正是带她走上电影之路的谢晋，“谢晋导演当年提出，不要颁奖给我，让年轻女演员这么早就得到大奖，她们拿了奖就会往外国跑。”当时有将近半数金鸡百花最佳女演员得主拿到奖后都出国，其中就包括陈冲、张瑜、斯琴高娃、龚雪等。与大奖失之交臂，马晓晴竟然一点也不恨谢晋，谢晋是她的开门祖师爷。
1992年，马晓晴参加电视剧《北京人在纽约》的拍摄。
1997年，她凭借在《我也有爸爸》中的出色表现获得第17届金鸡奖最佳女配角，成了那个年代炙手可热的女明星。在很长一段时间里，马晓晴体会到了什么是“走红”，“那时我出门要戴墨镜，经常会有服务员站在旁边，看着我吃饭，冲着我嘿嘿地傻笑，我就说：‘你们不要再对我笑了，吓死人了，饭也吃不下了。’”
1999年，她在北京演赖声川的话剧《他和他的两个老婆》，当时穿着三点式就上台了，当时挺轰动。马晓晴和父母住在一起，过着没有男人的生活。
马晓晴走红后，个人生活完全暴露在公众的视线下，她逐渐减慢了拍戏的速度，2000年后，她从北京回到了上海，逐渐淡出观众的视线，变得越来越沉寂。2002年，马晓晴自立门户当起了导演，但是由她自编自导的电影《花店》最终没能拍成，这是马晓晴的一个遗憾。《花店》讲述了一个开花店的女孩与服装设计师、警察、歌手、农民工四种不同男人之间的感情纠葛。
回到上海后有几年，马晓晴几乎断绝了与演艺圈的所有联系。电影伤透了她的心，曾经一度不能谈电影，跟谁也不能谈，一谈到电影她就恶心，想吐。
2006年，马晓晴执导了电影处女作《少女》，同年这部电影在央视电影频道播出，影片中的故事改编自她的亲身经历。马晓晴说这部影片讲的是一个断送了的爱情，在这部电影中，她丰富细腻的情感得到了表达，把情窦初开的青涩、惶恐、逃避和矛盾复杂的心情表达出来了。马晓晴说，影片中女孩子和男孩打架的场面，是她小时候的亲身经历。
2008年1月，马晓晴开始着手写电影剧本《素馨》。马晓晴回到上海后，看到了很多人和事，她经常看新闻，《素馨》也属有感而发。